Суд независим и самостоятелен в выборе тех или иных действий. Однако, в случае отказа, необходимо выяснить причину такого отказа. Зачастую случается, что заключение эксперта не рассматривается только лишь из-за того, что оно выполнено так называемым независимым экспертом. Каких-либо законных оснований такого отказа не существует.
Во-первых, каждый имеет право «защищать свои права и свободы всеми способами, не запрещенными законом» (ст. 45 Конституции Российской Федерации). Если эксперт имеет все соответствующие документы, подтверждающие его компетентность, а негосударственное учреждение организовано и функционирует в соответствии с действующим законодательством, заключение эксперта не может быть признано полученным запрещенными законом способами.
Во-вторых, положения закона «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации» распространяются, в том числе, и на негосударственные экспертные учреждения, а экспертом (специалистом) признается лицо, обладающее специальными познаниями в области науки, техники, искусства и ремесла, которые могут быть подтверждены дипломами о соответствующем образовании.
«В соответствии с нормами процессуального законодательства Российской Федерации судебная экспертиза может производиться вне государственных судебно-экспертных учреждений лицами, обладающими специальными знаниями в области науки, техники, искусства или ремесла, но не являющимися государственными судебными экспертами.
На судебно-экспертную деятельность лиц, указанных в части первой настоящей статьи, распространяется действие статей 2, 4, 6 — 8, 16 и 17, части второй статьи 18, статей 24 и 25 настоящего Федерального закона (Ст. 41, ФЗ «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации»)
Таким образом, законом фактически предусмотрена деятельность негосударственных судебно-экспертных учреждений.
Также следует обратить внимание на Постановление Пленума Высшего Арбитражного Суда от 20 декабря 2006 года № 66 «О некоторых вопросах практики применения Арбитражными Судами законодательства об экспертизе.». Так, в п. 2 настоящего постановления говорится, что «заключение эксперта негосударственной экспертной организации не может быть оспорено только в силу того, что проведение соответствующей экспертизы могло быть поручено государственному судебно-экспертному учреждению».